Depuis le 1er septembre 2026, la durée des arrêts de travail ouvrant droit aux indemnités journalières est plafonnée : trente et un jours pour une première prescription, soixante-deux jours pour une prolongation. Issue de la loi de financement de la sécurité sociale pour 2026 et précisée par le décret n° 2026-498 du 12 juin 2026, la mesure encadre la pratique des prescripteurs sans supprimer, pour autant, les droits des assurés. Analyse.
La maîtrise des dépenses d’indemnités journalières (IJ) figure, depuis plusieurs années, parmi les priorités affichées des lois de financement de la sécurité sociale. La loi n° 2025-1403 du 30 décembre 2025 de financement de la sécurité sociale pour 2026 franchit une étape supplémentaire en encadrant, de manière générale, la durée que peut atteindre un arrêt de travail prescrit en une seule fois. Entrée en vigueur le 1er septembre 2026, cette réforme, l’une des plus concrètes de la rentrée, appelle une lecture précise, tant ses effets diffèrent de la perception qu’en ont parfois les assurés.
I. Un plafonnement inscrit dans la loi, chiffré par décret
Le dispositif repose sur l’articulation classique entre la loi et le règlement. L’article 81 de la loi de financement pour 2026 a modifié l’article L. 162-4-1 du Code de la sécurité sociale : le médecin, comme le chirurgien-dentiste ou la sage-femme, qui prescrit un arrêt de travail doit désormais en mentionner la durée, laquelle ne peut excéder un plafond déterminé par décret en Conseil d’État. Le législateur a néanmoins encadré ce renvoi au pouvoir réglementaire, en précisant que le plafond ne saurait être inférieur à un mois pour une première prescription, ni à deux mois pour une prolongation.
C’est le décret n° 2026-498 du 12 juin 2026 qui a fixé ces seuils, en créant l’article R. 162-1-7-1 du même code. Depuis le 1er septembre 2026, la durée d’un arrêt de travail est ainsi limitée à trente et un jours pour une première prescription et à soixante-deux jours pour une prolongation. Ces plafonds s’appliquent aux prescriptions et aux prolongations établies à compter de cette date.
II. Une limite tempérée par une dérogation médicale
Le plafond n’a rien d’absolu. L’article L. 162-4-1 autorise expressément le prescripteur à s’en affranchir lorsqu’il justifie, sur la prescription elle-même, de la nécessité d’une durée plus longue au regard de la situation du patient. Cette dérogation s’apprécie, le cas échéant, en considération des recommandations de la Haute Autorité de santé, lorsqu’elles existent.
La portée de cette réserve est déterminante. Elle signifie que la mesure n’entend pas priver de couverture les patients atteints de pathologies lourdes ou de longue durée, mais responsabiliser la prescription en faisant de la durée un élément motivé. Le pouvoir d’appréciation du médecin demeure ; il s’exerce simplement dans un cadre plus formalisé.
III. Un encadrement des modalités, non une réduction des droits
Il importe de dissiper un malentendu fréquent : le plafonnement ne limite pas la durée totale pendant laquelle un assuré peut être placé en arrêt. Il encadre la durée de chaque prescription, non la répétition des prolongations. L’assuré dont l’état le justifie pourra donc demeurer en arrêt aussi longtemps que nécessaire, au prix de renouvellements plus fréquents et d’un suivi médical plus régulier. La réforme est par ailleurs sans incidence sur le montant des indemnités journalières, qu’elle ne modifie pas.
IV. Une mesure indissociable d’un renforcement du contrôle
Le plafonnement s’inscrit dans un ensemble de mesures adoptées le même jour. Deux autres décrets du 12 juin 2026 complètent le dispositif : le décret n° 2026-499 détermine la durée de renouvellement d’un arrêt à partir de laquelle le prescripteur peut saisir l’avis du service du contrôle médical ; le décret n° 2026-501 fixe la durée maximale de service des indemnités journalières dues au titre des arrêts consécutifs à un accident du travail ou à une maladie professionnelle. L’ensemble traduit une même logique : un encadrement plus étroit de la prescription et un contrôle renforcé des arrêts longs.
V. Points de vigilance pour les salariés et les employeurs
Pour les salariés, l’enjeu premier est d’éviter toute rupture de continuité entre deux prescriptions : un intervalle non couvert peut fragiliser le versement des indemnités. Anticiper les consultations de renouvellement devient un réflexe nécessaire, singulièrement pour les arrêts de longue durée.
Pour les employeurs, la multiplication des avis d’arrêt appelle une gestion rigoureuse des attestations de salaire et, lorsqu’ils pratiquent la subrogation (l’avance des indemnités pour le compte de la caisse), une vigilance accrue sur le suivi des versements. La cadence des renouvellements peut également peser sur l’organisation du travail et la préparation des visites de reprise.
VI. Une application territoriale à signaler
Le décret exclut expressément le département de Mayotte du champ du plafonnement. La Réunion, en revanche, est pleinement concernée : prescripteurs, salariés et employeurs de l’île sont soumis au nouveau dispositif depuis le 1er septembre 2026.
Le plafonnement de la durée des arrêts de travail relève davantage d’un encadrement des pratiques de prescription que d’une restriction des droits des assurés. Sa mise en œuvre n’en soulève pas moins des questions concrètes, telles que la continuité de l’indemnisation, la gestion de la subrogation ou l’articulation avec le contrôle médical, qui justifient, en cas de difficulté, l’appui d’un conseil. Le cabinet AKÉNA Avocats, au Tampon, accompagne salariés et employeurs sur ces problématiques, à La Réunion.
